Parte central del Programa de Trabajo de la Secretaría General de la Comunidad Andina corresponde a la eficiente administración y gestión del proceso de integración. Para ello, se identifican y establecen bajo esta área programas y acciones que afectan de manera transversal las demás áreas de trabajo de la Secretaría General.

 
ASESORÍA JURÍDICA
Su objeto es adelantar todas las investigaciones y análisis de casos derivados de los reclamos presentados por los Gobiernos de los Países Miembros, así como por personas naturales o jurídicas, en desarrollo del ordenamiento jurídico de la Comunidad Andina; perfeccionar el sistema andino de solución de controversias y prestar asesoría jurídica a los demás programas de la Secretaría General. Sus líneas de acción son: solución de controversias y su perfeccionamiento y consultoría jurídica.
Portal de Solución de Controversias
 
 
ESTADÍSTICAS
Su objetivo es suministrar información estadística de calidad de la Comunidad Andina, en materia económica, social y medioambiental. Asimismo, apunta a coordinar las acciones de la Secretaría General y de los servicios nacionales de estadística de los Países Miembros, en perspectiva de producir estadísticas comunitarias bajo un esquema de armonización metodológica y de asegurar la sostenibilidad de la producción estadística comunitaria. 
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COOPERACIÓN TÉCNICA
Este Programa tiene como objetivo consolidar una política de cooperación técnica y financiera internacional de la Secretaría General de la Comunidad Andina, adecuada a las prioridades del proceso de integración andino y de las relaciones externas de la CAN. Tiene también como finalidad gestionar recursos adicionales de cooperación a través de nuevas fuentes e incrementar los recursos de las fuentes cooperantes con programas en curso.
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COMUNICACIÓN Y CULTURA
Este programa tiene por objetivo contribuir al mayor conocimiento del proceso de integración, a través de medios radiales, televisivos, impresos, digitales, así como de la comunicación participativa y la difusión cultural.
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INFORMÁTICA Y DOCUMENTACIÓN
Brindar servicios de soporte a las actividades de gestión de la Secretaría General en aspectos de infraestructura tecnológica y servicios de procesamiento de datos, sistemas de información, servicios de telecomunicaciones y en la administración, organización y resguardo de la gestión documental. A través de su Centro de Documentación y Archivo atiende las necesidades de información y administra los fondos documentales del proceso de integración andino.
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RELACIONES CON ÓRGANOS E INSTITUCIONES DEL SISTEMA ANDINO DE INTEGRACIÓN (SAI)
Su objetivo es permitir una coordinación efectiva de las actividades de los Órganos e Instituciones del SAI para dar cumplimiento a las Directrices Presidenciales. Para ello, el Presidente del Consejo Andino de Ministros de Relaciones Exteriores, con el apoyo de la Secretaría General de la Comunidad Andina, convocará y presidirá la Reunión de Representantes de las instituciones que conforman el Sistema.
Información sobre el SAI
 
 
CUMBRES Y PLAN DE TRABAJO
Este Programa tiene como objetivo organizar de manera oportuna y eficiente las Cumbres ordinarias y extraordinarias del Consejo Presidencial Andino (CPA), previstas en el Acuerdo de Cartagena, así como realizar un seguimiento a las Directrices y acuerdos presidenciales que se desprendan de estas reuniones.
 
 
PROGRAMA DE COOPERACIÓN Y APOYO A BOLIVIA (PCAB)
Su objetivo es fortalecer las acciones e iniciativas de las organizaciones de Bolivia para superar las asimetrías que caracterizan su formación social y económica. El PCAB, que durante varios años se limitó a apoyar las actividades de la Secretaría General de la CAN realizadas en Bolivia, busca ahora enfatizar en acciones e iniciativas nacionales, propias, enmarcadas en el Programa y Lineamientos de la CAN, y que incidan en la superación progresiva de las asimetrías.
 
 
ADMINISTRACIÓN
Este programa tiene por objetivo administrar de manera eficiente los recursos humanos, financieros y logísticos, así como aplicar los procedimientos requeridos para facilitar el desarrollo de las actividades contempladas en el Programa Anual de Trabajo de la Secretaría General, todo ello en el marco de las políticas vigentes establecidas en las Decisiones de la Comisión, Resoluciones, Reglamentos y normas internas de la Secretaría General.